Пространственная транскриптомика SeekSpace. Ученые впервые в России провели обучающий практикум

В НИИ онкологии Томского НИМЦ была проведена сложнейшая лабораторная практика по пространственной транскриптомике SeekSpace от компании SeekGene.

Практика проводилась в рамках VI Международной научно-практической школы «Анализ отдельных клеток» (ASCA Workshop 2024). Ее модераторами выступили ученые лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ совместно с китайскими коллегами, представителями SeekGene.

Пространственная транскриптомика – современный метод, позволяющий ученым оценить активность генов и совокупность их сложных молекулярных взаимодействий с учетом глубокого понимания пространственной организации клеток в образце ткани.

Новейшая технология пространственной транскриптомики SeekSpace уникальна тем, что совмещает два решения: первое - позволяющее получать информацию о расположении клеток в исследуемом образце, второе –данные об активности генов (в том числе, их разных изоформ) и некодирующих и вирусных РНК, а также о разных типах генетических нарушений. В сравнении с конкурентами данная технология уникальна также тем, что предоставляет информацию на уровне единичных клеток за счет анализа клеточных ядер.

Евгений Денисов, заведующий лабораторией биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ, д-р биол. наук

• Евгений Денисов, заведующий лабораторией биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ, д-р биол. наук

Достоинство нового подхода в том, что изучая разные биологические объекты, можно получить информацию не только о клетках, их составляющих, но и об их расположении и молекулярном портрете, их взаимодействиях друг с другом.

Проще говоря, у нас появляется возможность видеть биологический объект насквозь, несмотря на сложность его строения и комплексность протекающих в нем процессов.

Евгений Денисов

Теперь технология SeekSpace, после успешной апробации на научно-практической школе, доступна российским исследователям.

Проведенная лабораторная практика была очень сложной: гораздо сложнее чем то, что мы делали раньше. Практика проведена успешно, мы получили набор последовательностей ДНК, готовый для секвенирования («чтения»). Полностью оценить информативность метода мы сможем чуть позже, когда завершится секвенирование и станет понятно, какое количество клеточных ядер мы «поймали», как они расположены в образце и какие их молекулярные характеристики удалось выявить.

Татьяна Геращенко, модератор практики, канд. мед. наук, старший научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ

Лабораторная практика включает в себя следующее высокотехнологичное оборудование: криотом (для подготовки срезов тканей), иммунофлуоресцентный имиджер и иммуногистосканер (для получения микрофотографий срезов тканей), ультразвуковой дезинтегратор, микрофлюидная станция заключения клеточных ядер в гелевые капли и система автоматического гель-электрофореза (для контроля качества библиотек). Полученные библиотеки в дальнейшем анализируются с помощью секвенатора нового поколения.

Фото на обложке: Томский НИМЦ