Специалисты Медико-генетического научного центра имени академика Н.П. Бочкова завершили совместную работу по исследованию вариантов в гене DEPDC5. Статья, в которой авторы подробно описали суть и результаты работы, опубликована в научном журнале Epilepsia.
Фокальная эпилепсия – наиболее распространенный тип эпилепсии, на долю которого приходится 60-70% всех случаев этого заболевания.
Как рассказал заведующий отделом функциональной геномики МГНЦ, доцент кафедры молекулярной генетики и биоинформатики ИВиДПО МГНЦ, к.б.н. Михаил Скоблов, это исследование направлено на изучение роли сплайсинговых вариантов в гене DEPDC5, который обычно ассоциируется с семейными фокальными эпилепсиями.
Герминальные гетерозиготные варианты в генах, кодирующих компоненты комплекса GATOR1 (DEPDC5, NPRL2 и NPRL3), часто выявляются при ДНК-диагностике у пациентов с эпилепсией. Однако сплайсинговые варианты в этих генах остаются малоизученными. В данной работе мы провели системный анализ как интронных, так и экзонных сплайсинговых вариантов и разработали потенциальную стратегию для коррекции патологических последствий таких вариантов.
- Михаил Скоблов
В опубликованной работе было проведено клиническое и молекулярное исследование российских пациентов из четырех семей, у которых были найдены интронные и экзонные варианты в гене DEPDC5. Для изучения патогенности вариантов были проведены функциональные исследования на крови и фибробластах пациентов, которые показали различные механизмы влияния вариантов на сплайсинг и доказали их патогенность.
Также ученые провели анализ опубликованных вариантов гена DEPDC5, и обнаружили что около 14% всех вариантов в этом гене могут влиять на сплайсинг согласно предсказаниям SpliceAI. Такая оценка была проведена впервые в мире. С помощью разработанных систем минигенов для нескольких экзонных вариантов был проведены эксперименты по функциональному анализу, которые выявили различные механизмы нарушения сплайсинга для исследуемых вариантов.
Для одного из сплайсинговых вариантов, обнаруженных у российского пациента, были разработаны различные системы по коррекции сплайсинга. Наиболее эффективная snRNA, доставленная с помощью лентивирусной трансдукции, была успешно применена в экспериментах на культуре фибробластов пациента. В результате был продемонстрирован новый терапевтический подход, который открывает перспективы для разработки персонализированных стратегий лечения.
Ученые считают, что исследование поможет лучше понять, как работают сплайсинговые варианты в гене DEPDC5 и какова их роль в фокальных эпилепсиях.
Источник: Минобрнауки РФ
Фото: МГНЦ
