Предложение без спроса. В холодильниках оренбургских микробиологов есть много ценного для биотехнологической промышленности

Коллекция микробных культур Института клеточного и внутриклеточного симбиоза Оренбургского научного центра Уральского отделения РАН была создана недавно — в 2014 году — и уже вскоре заняла первое место на форуме “Инновационное образование — локомотив технологического прорыва России” и XII ярмарке стартовых инновационных проектов и компаний в Нижнем Новгороде, что вполне объяснимо. Вот как на вопрос, для чего нужны микробные коллекции, ответил директор ИКВС доктор медицинских наук Сергей Черкасов:

— Сохранение обширного и разно­образного генетического материала микроорганизмов необходимо для научных исследований — моделирования, генной инженерии, а также для экспертно-эпидемиологических работ. Надеемся, что в ближайшем будущем наша коллекция станет востребованной предприятиями биотехнологического кластера.
Коллекционирование микробных культур актуально и в плане импортозамещения. Так, сравнение выделенных в лабораториях ИКВС микроорганизмов с широко известными штаммами, на основе которых производятся популярные импортные препараты для лечения дисбактериоза, показало, что оренбургские пробиотики вполне могут составить им конкуренцию. А новизна оренбургской коллекции заключается в том, что собранные в ней микроорганизмы исследуются с позиций новых направлений современной инфектологии — ассоциативного симбиоза и микробной симбиологии, в разработку которых огромный вклад внес основатель ИКВС, а ныне главный научный сотрудник института академик Олег Бухарин.
На вес золота
В отличие от микробных “моноколлекций” в оренбургском банке микроорганизмов есть разнообразные культуры — штаммы нормальной микрофлоры человека и потенциально патогенные клинические изоляты, водные микроорганизмы и бактерии-нефтедеструкторы, а также индикаторные культуры.
Представителей нормальной микрофлоры коллекционируют в нескольких лабораториях ИКВС. Их используют для создания биопрепаратов и тестирования антимикробных соединений. Заведующий лабораторией дисбиозов кандидат медицинских наук Александр Валышев сравнивает отбор полезных для человека микробных штаммов с добычей золота. Чтобы найти драгоценную песчинку, нужно перемыть кучи песка, а из тысяч микробных штаммов только один может стать основой для создания пробиотика — антибактериального препарата, действие которого основано на антагонизме микробов между собой.
Некоторые представители нормальной микрофлоры способны эффективно противостоять патогенным бактериям либо напрямую, продуцируя антимикробные факторы — лактат, лизоцим, перекись водорода, различные бактериоцины (специфические белки, подавляющие жизнедеятельность клеток других штаммов того же вида или родственных видов бактерий), либо опосредованно, лишая болезнетворные бактерии персистентных свойств, то есть способности к долгому выживанию в организме.
К таким “борцам” с патогенами относятся грамположительные бактерии: бифидобактерии, лактобациллы и энтерококки. Последние, например, продуцируют вещества, убивающие возбудителей весьма опасного инфекционного заболевания — листериоза, в последнее время получившего распространение в развитых странах. А лактобациллы защищают от инфекции репродуктивный тракт женщины, где они в норме составляют доминантную, то есть господствующую, микрофлору.
Согласно данным сотрудников лаборатории по изучению механизмов микробиоценозов человека во главе с Сергеем Черкасовым, как острые, так и хронические воспалительные гинекологические заболевания связаны с дефицитом доминантной микрофлоры, способной противостоять патогенным микроорганизмам. Для ее восстановления используются пробиотики, содержащие культуры лактобацилл.
Однако набор таких препаратов невелик, и подходят они далеко не всем, поскольку микрофлора каждого человека так же индивидуальна, как и отпечатки пальцев. Есть женщины, организм которых не воспринимает ни один из известных пробиотических препаратов. Имея обширную коллекцию штаммов лактобацилл, можно создавать разнообразные комбинации пробиотиков. Разработанный оренбургскими микробиологами способ индивидуального подбора пробиотика для восстановления нормальной микрофлоры репродуктивного тракта запатентован и удостоен международных наград.
Штамм энтерококка, выделенный из кишечника человека сотрудниками лаборатории механизмов и регуляции персистенции бактерий (заведующая — доктор биологических наук Ольга Карташова), интересен тем, что способен эффективно противостоять грибам рода кандида, а именно снижать их способность образовывать биопленки. Совместно с хирургами Оренбургской железнодорожной больницы они также выделили штамм стафилококка, который может использоваться в качестве тест-культуры для отбора антибактериальных средств, эффективных в отношении персистирующих, то есть долгоживущих в организме, болезнетворных стафилококков.
Тесты на выживаемость
О том, как происходит отбор антибактериальных препаратов с помощью микробных тест-систем, рассказала заведующая лабораторией биомониторинга и молекулярно-генетических исследований доктор медицинских наук Наталья Перунова. Для того чтобы определить действенность того или иного лекарственного средства, используются тест-штаммы — микроорганизмы, достаточно устойчивые к воздействию факторов защиты человека и потому способные к длительному проживанию в организме. Их можно использовать как биомишень. Если антибиотик (или гормональный препарат, или иммуномодулятор) оказывается эффективным против такого устойчивого персистентного штамма, значит, он тем более эффективен против других, менее устойчивых патогенов.
Один из таких замечательных микроорганизмов, имеющих биомишень, — клебсиелла, условно-патогенная энтеробактерия. Она способна очень долго находиться в организме и потому незаменима в качестве тест-штамма в ходе разработки и тестирования препаратов для борьбы с персистирующей инфекцией, в частности с хирургическими инфекциями мягких тканей. Используя свойства клебсиеллы, оренбургские микробиологи в сотрудничестве со специалистами из Института органического синтеза УрО РАН создали новую мазь для лечения гнойных ран.
Коллекция возбудителей эндогенных бактериальных инфекций, собранная в лаборатории клеточного симбиоза во главе с доктором медицинских наук Виктором Гриценко, насчитывает уже около 500 штаммов. Ведь очень многие болезни — пиелонефрит, цистит, инфекции желчных путей, урогенитальные инфекции — вызывает собственная микрофлора организма. Особая статья — возбудители разнообразных внутрибольничных инфекций, так называемые клинические изоляты. Сотрудники лаборатории клеточного симбиоза специализируются на изучении штаммов, вызывающих осложнения при хирургических вмешательствах, прежде всего гинекологических. А они возникают почти в четверти случаев. Клинические изоляты очень устойчивы к действию антибиотиков, поэтому применение традиционных антимикробных препаратов часто не дает результата.
Тесно сотрудничая с клиницистами, ученые-микробиологи выделяют штаммы возбудителей практически у каждого больного. Накапливая их в коллекции, они могут создавать реестры бактерий для оценки эффективности разных антибиотиков, причем не эффективности вообще, а в отношении инфекций, циркулирующих в конкретном регионе и в конкретной больнице.
По словам заведующего лабораторией экологии микроорганизмов доктора медицинских наук Сергея Фадеева, спектр возбудителей внебольничных и госпитальных инфекций сегодня существенно меняется. Растет доля стафилококков, которые вызывают тяжелые некротические формы хирургической инфекции. Они плохо поддаются лечению, особенно у больных сахарным диабетом и у наркотически зависимых людей. Сотрудники лаборатории обследуют бактерионосителей, которые могут быть “разносчиками” подобных микроорганизмов, и проводят предварительную оценку эффективности антибактериальных препаратов.
Как известно, у антибиотиков есть крупный недостаток: чем больше мы их потребляем, тем быстрее они становятся неэффективными. По данным Всемирной организации здравоохранения, инфекции, вызванные резистентными возбудителями, в мире ежегодно становятся причиной гибели 700 тысяч человек. Согласно официальным прогнозам, при сохранении таких темпов распространения устойчивых “супербактерий” и отсутствии новых препаратов к середине XXI века эта цифра составит 10 миллионов, превысив смертность от онкологической патологии (8,2 миллиона в год).
Сейчас предпринимаются меры для сдерживания роста устойчивости бактерий к антибиотикам. Однако альтернативу им искать все равно придется. Специалисты ИКВС, используя свои постоянно обновляющиеся коллекции, отбирают антимикробные субстанции растительного происхождения. При этом оценивается способность препарата не только нанести непосредственный “урон” бактериальной клетке (что может привести к развитию резистентности), но и ослабить или подавить защиту микроорганизмов. Такой вариант “мягкого” воздействия в итоге приводит к ликвидации возбудителя, предотвращая бактерионосительство.
Водное микроцарство
В Институте клеточного и внутриклеточного симбиоза собрана также коллекция природных фототрофных и гетеротрофных микроорганизмов, куда входят культуры зеленых одноклеточных водорослей, диатомовых водорослей и бактерий-нефтедеструкторов. По словам заведующей лабораторией водной микробиологии ИКВС доктора медицинских наук Наталии Немцевой, коллекционные микроводоросли интересны тем, что выделены из уникальных мест обитания, прежде всего из гиперсоленых озер — Соль-Илецких (Оренбуржье), а также из озера Эльтон (Волгоградская область), где они успешно выживают благодаря симбиотическим связям. Ценность зеленых водорослей — в высоком содержании витаминов, ненасыщенных жирных кислот, антибактериальных со­единений, которые губительно действуют на патогенную микрофлору и не причиняют вреда нормальной.
Один из замечательных представителей водной коллекции — зеленая одноклеточная водоросль Дуналиелла солоноводная. Ее биомасса — богатейший источник бета-каротина, она помогает усвоению витаминов и микроэлементов, активизирует и нормализует обмен веществ, выравнивает экологическую среду кишечника. Обладая антиоксидантными свойствами, дуналиелла повышает выносливость организма, что актуально для жителей регионов с неблагоприятными экологическими условиями.
Казалось бы, производители биодобавок должны стоять в очередь к микробиологам за культурами зеленых водорослей. Однако сегодня предприятия, производящие биодобавки, работают исключительно с зарубежными штаммами Дуналиеллы солоноводной — чилийскими, израильскими, австралийскими. Контракты заключены, технологии закуплены. Чтобы перейти на российское сырье, нужно перестраивать производство, отрабатывать другие технологии, а что требует огромных затрат. Это касается коммерциализации и других разработок ИКВС — пока серьезных “индустриальных партнеров”, как теперь принято говорить, у оренбургских микробиологов нет. К сожалению.

Елена ПОНИЗОВКИНА

Нет комментариев