Учёные из Scripps Research вместе с коллегами создали способ точнее изучать уязвимые места вирусов ВИЧ и Эбола. Для этого они использовали нанодиски — крошечные липидные частицы, которые имитируют внешнюю оболочку вируса. Работа опубликована в Nature Communications.
Обычно вирусные белки для лабораторных тестов изучают в упрощённом виде. Но тогда из них часто убирают части, которые в настоящем вирусе находятся в мембране. Из-за этого такие белки могут вести себя не так, как при реальной инфекции, а понять, как именно антитела распознают вирус, становится сложнее.
Новая платформа позволяет сохранить белки в более естественной форме. Исследователи показали это на белках ВИЧ и Эболы — двух вирусов, с которыми разработка вакцин давно идёт тяжело. Такой подход помог увидеть детали, которые раньше были скрыты, особенно в зоне у основания белка рядом с мембраной.
На примере ВИЧ команда изучила участок поверхностного белка, на который нацелены антитела, способные блокировать многие варианты вируса. Нанодиски позволили рассмотреть, как эти антитела взаимодействуют с белком в условиях, близких к настоящим. Это также дало подсказки, как антитела могут мешать вирусу заражать клетки.
Метод проверили и на белках вируса Эбола: антитела тоже смогли их распознавать в такой среде. По словам авторов, платформа подходит не только для снимков структуры, но и для оценки реакции иммунных клеток на вакцинные кандидаты. При этом работа, которая раньше занимала месяц и больше, теперь может занять около недели.
