Учёные из онкоцентра Moffitt предложили способ заранее понять, какие изменения в хромосомах помогают раковой клетке выживать и развивать опухоль.
Раковые клетки часто ошибаются при делении: они могут потерять хромосому или получить лишнюю. Это меняет «дозу» сразу множества генов и даёт клеткам шанс быстрее приспособиться к стрессу и лечению. Проблема в том, что вариантов таких наборов хромосом огромно, и раньше было трудно понять, какие из них выгодны.
Для этого команда разработала вычислительный инструмент ALFA-K. Он работает с данными одиночных клеток, собранными в разные моменты времени, и восстанавливает, как клетки переходят от одного набора хромосом к другому. Так видно, какие состояния «подбирает» эволюция опухоли, а какие отбрасывает.
Авторы пишут, что развитие опухоли не сводится к чистой случайности: есть закономерности, на которые влияют хромосомный набор клетки и стресс, в том числе связанный с терапией. В работе ALFA-K оценил «выгодность» более чем 270 000 разных вариантов хромосомных наборов.
Ещё один вывод касается удвоения всего генома, когда клетка копирует все хромосомы сразу. Метод позволяет измерить, насколько это удвоение помогает переживать сильную хромосомную нестабильность и где проходит порог, после которого такой шаг становится выгодным.
В перспективе идея такая: пытаться предугадывать, к чему опухоль движется, и подбирать лечение с учётом этого.
