Неожиданные находки в генетике. Ассимиляции неандертальцев в популяции современных людей
Новое генетическое исследование выявило обширное скрещивание и долговременные взаимодействия между неандертальцами, денисовцами и современными людьми, указывая на более интегрированную историю, чем считалось ранее, и поддерживая теории ассимиляции неандертальцев в популяции современных людей.
С момента открытия первых костей неандертальца в 1856 году, интерес к этим древним гомининам постоянно растет. Как они отличались от нас? В чем они были похожи? Взаимодействовали ли наши предки с ними? Сражались? Любили? Недавнее открытие группы денисовцев, похожих на неандертальцев, которые населяли Азию и Южную Азию, добавило новых вопросов.
Международная команда генетиков и специалистов по искусственному интеллекту добавляет новые главы в нашу общую историю гомининов. Под руководством Джошуа Эки, профессора Института интегративной геномики Льюиса-Сиглера в Принстоне, исследователи обнаружили историю генетического смешивания и обмена, предполагающую гораздо более тесную связь между этими ранними группами людей, чем считалось ранее.
«Для подавляющего большинства человеческой истории у нас была история контактов между современными людьми и неандертальцами.»
- Джошуа Эки, профессор Института интегративной геномики Льюиса-Сиглера в Принстоне
Используя геномы 2,000 живущих ныне людей, а также трех неандертальцев и одного денисовца, команда Эки составила карту генного потока между гомининовыми группами за последние 250,000 лет. Исследователи использовали генетический инструмент IBDmix, который использует машинное обучение для расшифровки генома. Ранее исследователи сравнивали геномы людей с «референтной популяцией» современных людей, считавшихся не имеющими или почти не имеющими ДНК неандертальцев или денисовцев.
Команда Эки установила, что даже у этих референтных групп, живущих за тысячи миль к югу от пещер неандертальцев, есть следы неандертальской ДНК, вероятно, перенесенные южными путешественниками (или их потомками). С помощью IBDmix команда Эки выявила первую волну контакта около 200-250,000 лет назад, вторую волну 100-120,000 лет назад и крупнейшую волну около 50-60,000 лет назад.
«Наши модели показывают, что не было долгого периода застоя, но что вскоре после появления современных людей, мы начали мигрировать из Африки и возвращаться в Африку.»
- Джошуа Эки, профессор Института интегративной геномики Льюиса-Сиглера в Принстоне
Генетическое моделирование традиционно использовало вариации — разнообразие — как прокси для размера популяции. Чем более разнообразны гены, тем больше популяция. Но используя IBDmix, команда Эки показала, что значительная часть этого видимого разнообразия возникла из-за ДНК последовательностей, полученных от современных людей, с их гораздо более крупной популяцией. В результате эффективная популяция неандертальцев была пересмотрена с примерно 3,400 размножающихся индивидов до около 2,400.
«Неандертальцы долгое время балансировали на грани вымирания. Современные люди, по сути, были как волны, разбивающиеся о берег, медленно, но уверенно размывая его. В конечном итоге, мы просто демографически перегрузили неандертальцев и включили их в популяции современных людей.»
- Джошуа Эки, профессор Института интегративной геномики Льюиса-Сиглера в Принстоне
