Молекулы в деталях. Как ученые создают карты генов

Исследователи из Мичиганского университета разработали Seq-Scope — инновационный метод, позволяющий визуализировать экспрессию генов с разрешением на уровне субмикрометров. Эта технология, впервые описанная в журнале Cell в 2021 году, открывает новые горизонты в изучении генетических процессов, обеспечивая невероятную детализацию клеточных и тканевых структур.

Seq-Scope позволяет получить изображения генов, содержащие гигабайты данных. Усовершенствованный метод, описанный в журнале Nature Methods, стал более доступным и универсальным. Вместе с алгоритмом FICTURE, созданным для анализа пространственных данных высокого разрешения, эти инструменты формируют мощный дуэт для изучения транскриптомов в клетках.

«Мы взламываем машины для секвенирования ДНК, заставляя их делать всю тяжелую работу»,

• Канг, профессор биостатистики, Мичиганский университет.

Seq-Scope помогает ученым наблюдать за тем, где и как экспрессируются гены, обеспечивая уникальное микроскопическое разрешение. В сочетании с FICTURE исследователи могут точно анализировать огромные объемы данных и создавать детализированные изображения тканей. Например, при анализе мышечного эмбриона удалось проследить, как миобласты дифференцируются в полосатую мышечную ткань.

«Наша цель — дать возможность большему числу исследователей использовать передовые возможности пространственной транскриптомики»,

• Ли, профессор молекулярной физиологии, Университет штата Массачусетс.

Этот метод решает проблемы, связанные с анализом сложных данных транскриптомов, и делает передовые инструменты геномного анализа доступными для более широкого круга исследователей. Seq-Scope и FICTURE уже получают внимание со стороны научных компаний, заинтересованных в применении этих технологий для изучения клеточных процессов. Ученые надеются продолжить работу над развитием метода, чтобы сделать его еще более доступным для изучения геномной экспрессии.