Еще долго 2020-2023 годы мы будем звать ковидными, точно обозначая период, когда планету накрыл коронавирус SARS-CoV-2. Вызванная им пандемия охватила более 190 стран. К концу нынешнего года зарегистрировано свыше 778 миллионов подтвержденных случаев COVID-19 и более 7 миллионов связанных с ними смертей, что явилось глобальным кризисом здравоохранения за последние десятилетия, сказалось на социальном состоянии и экономической деятельности государств. Тяжелыми медицинскими последствиями признаны и случаи постковидного синдрома, развивающегося у 35-80% переболевших COVID-19.
По данным Всемирного банка, в результате пандемии мировой ВВП в 2020 году снизился на 3,2-3,4%, что составило более 2 триллионов долларов. Последствия пандемии проявились массовыми закрытиями государственных границ, снижением интенсивности внешнеторговых отношений, политической разобщенностью ряда стран. На рынке труда возникли серьезные негативные процессы. Системы здравоохранения большинства стран мира оказались не готовы противостоять пандемии COVID-19, им потребовались серьезные усилия, чтобы переломить негативный тренд развития ситуации. Возбудитель COVID-19 был изменчив и богат геновариантами, что вызывало все новые подъемы заболеваемости в разных странах мира.
Но период пандемии COVID-19 и последующее время (2020-2025) оказались очень творчески интенсивными для российских ученых: ими разработаны и внедрены современные принципы геномного эпидемиологического надзора, уникальные технологические решения для диагностики возбудителей инфекционных болезней, созданы отечественные высокоэффективные вакцинные препараты, современные цифровые технологии, обеспечивающие решение эпидемиологических и медицинских задач страны и мира.
Чтобы обеспечить геномный эпидемиологический надзор, специалисты разработали платформу VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia). Став Национальной базой данных геномов возбудителей инфекционных болезней, этот ресурс обеспечивает централизованный сбор геномных последовательностей вместе с данными эпидемиологического характера, предоставляя биологам инструменты анализа загруженных геномов и служа площадкой для научно-организационного взаимодействия учреждений, осуществляющих молекулярно-генетический мониторинг возбудителей инфекционных болезней. Первоначально VGARus предназначалась исключительно для мониторинга SARS-CoV-2, однако вскоре сфера ее применения была расширена на многие другие патогены. На данный момент в VGARus загружены результаты секвенирования свыше 440 000 последовательностей от более чем 100 патогенов. В работе платформы широко используются облачные вычисления, нейронные сети и методы машинного обучения, что позволяет значительно ускорить биоинформатическую обработку и точность анализа геномных и эпидемиологических данных.
Подробности — в статье академика РАН Василия Акимкина в спецвыпуске «РАН: крупным планом. Технологическое лидерство» в очередном номере газеты «Поиск».
