Новую версию омикрон-штамма будет сложнее обнаружить - Поиск - новости науки и техники
Поиск - новости науки и техники

Новую версию омикрон-штамма будет сложнее обнаружить

Ученые выявили дополнительную версию омикрон-штамма коронавируса, который несет многие из тех мутаций, что и оригинал. Однако он не имеет одной ключевой генетической особенности, сообщает The Guardian . Эта особенность позволяет стандартным ПЦР-тестам отличать новые случаи омикрона от дельта или других вариантов, поэтому новую версию омикрона может быть труднее обнаружить.

Специалисты  предложили разделить линию omicron, известную как B.1.1.529, на две подлинии: BA.1 для версии омикрона, которая была первоначально идентифицирована, и B.2 для новооткрытой версии. Разделение было предложено и реализовано в течение последних нескольких дней в Cov-Lineages  – онлайн-системе, используемой для документирования происхождения SARS-CoV-2 и их распространения. 

«В Omicron есть две линии, BA.1 и BA.2, которые довольно сильно различаются генетически, – сказал The Guardian Франсуа Баллу, директор Института генетики Университетского колледжа Лондона. – Эти две линии могут вести себя по-разному”.  

По сообщению издания, одно ключевое различие между двумя подсетями может затруднить отслеживание BA.2. Это происходит потому, что у BA.1 есть «делеция» в гене,  кодирующем его спайковый белок, который вирус использует для заражения клеток. По данным Американского общества микробиологии, эта делеция, сокращенно 69-70del, удаляет шесть оснований из общей последовательности РНК, что, в свою очередь, удаляет два «строительных блока» из конечного белка-шипа .

ПЦР-тесты сканируют несколько генов коронавируса, в том числе этот ген белка шипа, но варианты с 69-70del не будут давать положительный результат на шип. Вместо этого они заставляют тест ПЦР отображать ошибку, которая читается как «Сбой мишени S-гена». Эта особенность фактически позволяет легче обнаружить варианты с 69-70del, а именно омикрон и альфа, при ПЦР. После выявления таких случаев ученые затем проводят полный геномный анализ образцов, чтобы подтвердить, какой вариант вызвал данную инфекцию.

«Исключение S-гена имело решающее значение для быстрого обзора во многих различных частях Южной Африки и, таким образом, для отслеживания распространения подлинии BA.1″, – отмечает Сара Отто, профессор эволюционной биологии в Университете Британской Колумбии.

Но BA.2 не несет мутации 69-70del, а это означает, что он не будет отличаться от других вариантов при стандартных тестах ПЦР, и ученым, возможно, придется приложить больше усилий, чтобы найти его. 

Хотя между двумя подлиниями омикрона есть ряд различий, нет никаких непосредственных оснований полагать, что одна будет вести себя иначе, чем другая, сказал Financial Times Дэвид Стюарт, профессор структурной биологии Оксфордского университета.

09.12.2021

Елена Краснова

 

 

Источник

 

1 комментарий

  • По данным информационной космической диагностики ИКД под вирусом Омикрон понимают две близкие разновидности типов 11 и 12 вирусов (классификация ИКД). 11 тип может вызывать смерть, а 12 тип слабый.

Загрузка...
Новости СМИ2